Una de las ironías de que Samuel Eto’o juegue en el FC Barcelona es que originalmente se unió a su archirrival Real Madrid, quien inmediatamente lo cedió; de primera a segunda CD Leganés; luego al Espanyol de primera división tras jugar solo un partido de Liga con el Madrid; y finalmente a Mallorca. Lo hizo tan bien en este último club que lo fichó por un récord del club y se convirtió en el máximo goleador de la historia del club con un total de 54 goles entre 2000 y 2004.
El delantero camerunés fichó por el FC Barcelona tras una serie de negociaciones entre Barcelona, Mallorca y Real Madrid que tenían una opción sobre él. Por un lado el Madrid no lo necesitaba en el equipo ya que contaba con dos delanteros como Ronaldo y Raúl; en cambio no querían que jugara en el Barcelona, club que buscaba un delantero de calidad para cimentar el ataque tras no poder llegar a un acuerdo con el centrocampista Edgar Davids, que había pasado la segunda mitad del Temporada 2003-2004 cedido al club catalán.
Con Eto’o como delantero y Ronaldinho como centrocampista ofensivo, Samuel Eto’o demostró rápidamente una buena relación calidad-precio y marcó un total de 24 goles en liga en la temporada 2004-2005. Aunque ayudó al FC Barcelona a hacerse con el título de liga, se perdió por poco el título de máximo goleador de LaLiga.
Sin embargo, en las celebraciones que siguieron en el Camp Nou pronunció un discurso en el que criticó abiertamente al Real Madrid, aparentemente desahogando la amargura que sentía por haber sido pasado por alto por el club a favor de ser cedido. Más tarde tuvo que retractarse de su declaración y emitir una disculpa.
Al año siguiente Samuel Eto’o pudo mejorar su marcador liguero y con un total de 26 goles se hizo con la corona del «Pichichi» por poco, sólo un gol por delante del valenciano David Villa. Su gran desempeño en el campo lo vio también anotar seis goles en la Liga de Campeones, lo que ayudó a impulsar al Barcelona hasta la final contra el Arsenal. Estuvo fuertemente implicado en el resultado ya que primero el portero del Arsenal fue expulsado por una falta contra Eto’o en los primeros 20 minutos; al no poder capitalizar la ventaja de un hombre, Eto’o empató en el minuto 76 con un pase de Larsson y Belletti anotó el gol de la victoria unos minutos después.
Sobre la base de una buena temporada, Samuel Eto’o fue galardonado con el título de Mejor Delantero de la Liga de Campeones de la UEFA y Mejor Jugador Africano por tercer año consecutivo.
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